かなり（無駄な）苦労をしたのでメモ。
RStudioでは、RnowebファイルからPDFを作成することができます。ただし、今のところ受け付けてくれるのは、pdfLaTeXか、xeLaTeXに限られています。
LuaLaTeXも使えるようですが、bibファイルの扱いなど、文献整理などでどうしても問題が生じてしまいます。いろいろ解決法を探したのですが、見つかりませんでした。
というわけでLuaLaTeXも諦め、RStudioから、upLaTeXを経由して、pdfを作成することにしました。
と言っても、やり方は簡単。latexmkを利用します。
こちらのサイトを参考に、latexmkを設定。
違うのは、platexがuplatexに、pbibtexがupbibtexになったことだけです。
この時点で、latexmkがエラー無く動くかどうか確認しておくとよいと思います。
latexmkの設定が終わったら、RのコンソールでRStudioの環境変数を設定します。これは、.Rprofileに書いてもOK。
Sys.setenv(RSTUDIO_PDFLATEX = "latexmk")
これで、RStudioのCompile PDFを押せば、一気にPDFを作成してくれるようになります。
うまく行かないときは、latexmkの設定を中心に見なおしてみるとよいと思います。
私は最初、情報が古いサイトを参照してlatexmkを設定していたので、エラーで途中終了してしまっていました。はじめから本家のサイトをきちんと見るべきでした。
それと私の環境では、extractbbが自動実行されない設定になっていたので、こちらのサイトを参考に、ファイルを修正する必要がありました。
なお、修正すべきtexmf.cnfがどこにあるかわからないときは、下記を実行します。
kpsewhich -a texmf.cnf
LaTeXの設定は数年ぶりに見なおしたので、かなり疲れました・・・。
なお、なぜこんなことを始めたかというと、下記の本を読んだからです。
「動的レポート生成」についてほとんど知らなかったので、大変参考になりました（と同時に、今までの自分の作業の仕方が、どれだけ非効率だったか思い知って反省しました・・・）。
