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surveyで相関係数を計算する

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survey packageに相関係数を算出するコマンドがなかったのでメモ。こちらのサイトが参考になった。

library(survey)

data(api)
dstrat <- svydesign(
  id = ~1, strata = ~stype, weights = ~pw, data = apistrat, fpc = ~fpc
)

var <- svyvar(~ api00 + api99, design = dstrat)
cov2cor(as.matrix(var))

これで相関係数が算出される。標準誤差がほしい場合はややこしくなる。先のサイトでは、weights関数を使って計算している模様。

svycor <- function(model, design) {
  mf <- model.frame(model, model.frame(dstrat), na.action = na.pass)
  wts <- weights(dstrat, "sampling")

  wcors <- weights::wtd.cor(mf,
    weight = wts, bootse = TRUE, mean1 = TRUE,
    bootn = 1000, bootp = TRUE
  )
  return(wcors)
}

cors <- svycor(~api00 + api99, dstrat)

cors$correlation
cors$p.value
cors$std.err

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